瞿同祖1910年7月12日出生于湖南长沙一个书香世家，因与其祖父同在庚戌年出生，故命名同祖。幼承庭训，奠国学之始基，少年时代先后就读北京育英中学、汇文中学。1930年以优异成绩被保送到燕京大学，主修社会学。1934年获燕京大学文学士学位后，即入燕京大学研究院，在吴文藻与杨开道的指引下，从事中国社会史研究，1936年获硕士学位。其学位论文《中国封建社会》1937年由商务印书馆出版，旋即成为中国社会史研究领域的重要参考书，并被译成日文在东京出版。瞿同祖在书中以社会学的观点和方法研究古代中国社会，引起国内学界的瞩目。

抗日战争爆发后，瞿同祖不甘做亡国奴，只身南下，1938年在重庆任国民政府贸易委员会调查处处员。1939年到昆明云南大学执教，任社会、政经、法律三系讲师，后升任副教授、教授，开设“中国经济史”、“中国社会史”及“中国法制史”三门课程。1944年兼任西南联合大学讲师国学人物长沙，在此期间，撰写了《中国法律与中国社会》一书，从法律和社会的角度研究中国历史。这一专著探赜发微，独辟蹊径，书中涉及家族、婚姻、巫术及宗教，既是一部法制史，也是一部社会史，成为学术界的开新之作。他认为，中国古代法律的基本精神及其主要特征表现在家族主义和阶级概念上，二者是儒家意识形态的核心和中国社会的基础，是中国古代法律所着重维护的社会制度和社会秩序，在法律上占有极为突出的地位。该书1947年由商务印书馆出版中文版，1961年以《传统中国的法律与社会》书名在巴黎和海牙出版英文版，得到国际学术界的广泛好评，成为研究中国法律和中国社会的必读参考书国学人物长沙，被认为是关于中国法律研究最好的西文著作。该书中、英文版均多次再版，是中国法律史研究的经典之作。

1945年春，瞿同祖应德裔美籍社会史学家魏特夫之邀赴美国，入哥伦比亚大学中国历史研究室任研究员，从事汉史研究。在此期间，他完成《汉代社会结构》初稿，对汉代的家族、婚姻、妇女地位、社会阶级、豪族等专题进行研究，该书后由华盛顿大学出版社出版。

1955年，费正清教授在哈佛大学成立东亚研究中心，他被聘为研究员，继续中国史研究，中心成员杨联升教授和哈佛法学院梅伦（ von ）教授共同开设“中国法律”一课。在此期间，他完成《清代地方政府》一书，并于1962年由哈佛大学出版社出版。在该书中，瞿同祖采用政治社会学的方法，既描述、分析和诠释中国清代州、县级地方政府的结构与运作，也探索了绅士在地方行政上的作用，这一研究大大推进了对传统中国政府和行政的研究，成为其学术历程中又一重要创新之作。该书英文本多次再版，其观点为不少专家所引用、接受，在西方汉学界产生了相当大的影响。

1962年，他应朋友威廉·荷兰之邀，前往加拿大不列颠哥伦比亚大学，担任亚洲系副教授，讲授中国通史和古代汉语。

瞿同祖虽身在海外，却心系故国。1965年，他辞去不列颠哥伦比亚大学教职，经欧洲回国。历任湖南省文史研究馆馆员、湖南省政协文史资料研究委员会副主任，中国社会科学院近代史研究所研究员。1972年，英文著作《汉代社会》由华盛顿大学出版社出版。1976年与夫人赵曾玖应约合译的《艾登回忆录》，由商务印书馆出版。后编译的《史迪威资料》一书，1978年由中华书局出版。1985年起享受终身在职的专家待遇；2006年当选为中国社会科学院荣誉学部委员。

1980年8月作为中国历史学家代表团团员出席在罗马尼亚举行的第15届国际历史科学会议。同年9月出席在瑞士举行的第27届欧洲汉学会议，做《清代法律的延续性和演变》报告。1983年在香港大学演讲《法律在中国社会中的作用》。1985年应美中学术交流委员会邀请，以高级学者名义访问美国哈佛大学、芝加哥大学、华盛顿大学，多次报告阐述法律在中国社会中的作用，并揭示儒家思想与中国法律发展的关系，指出法律儒家化实为中国法律发展史最重要之大事，为国际学术界所广泛关注。

2008年10月3日，逝世于北京协和医院，享年98岁。